全人類被神奇的現象一瞬間石化後過了幾千年——擁有超人般頭腦、天生的科學少年·千空甦醒了。 　　在文明遭到毀滅的石頭世界裏，千空集結新夥伴的力量一起建立“科學王國”，最終目標是用科學的力量復原整個世界。但是，由靈長類最強的高中生獅子王司領導的“武裝帝國”卻步步爲營。旨在淨化人類的司試圖通過使用強大的力量來阻止科學的發展。 　　科學 vs 武力的戰鬥經過激戰，千空等人的科學王國佔優勢，之後兩國終於和解。 　　由於同伴的謀反而處於冷休眠狀態的司爲了復活全人類，科學王國以石化光線的發生源、地球的背面·新世界作爲目標！ 　　衝出世界解開石化之謎！石頭世界大航海時代終於開幕——?