一心想成爲幽靈獵人的天空寺尊於18歲生日時，收到來自十年前亡父生前所寄的幽靈眼魂（Ghost Eyecon）後，來自異世界的怪人——眼魔突如其來地出現在面前並盯上此物，甚至爲救青梅竹馬月村明裏和御成而身亡。得到仙人的幫助之下而獲得Ghost驅動器變身，成爲假面騎士Ghost並得以九十九日短暫的生命復甦。爲收集實現復活願望的「15位偉人」眼魂，投身於影響世界命運的戰鬥中。