地球上的人類的安危被來自冥王星的巨大隕石Tanatos(希臘神話)所威脅着。爲了對抗Tanatos，人類以國際太陽系開發機構“ISDA”爲發足點，祕密進行着一向不爲人知的開發計劃“D計劃”，計劃內容爲利用在小笠原近海發現的迷之生命體“龍”進行生態兵器的開發，然後利用“龍”去直接破壞Tanatos，正在這個計劃正在推進的同時，因事故在2年前失去家人的孤獨少年與搭救他的迷之少女命運般的相遇了……有關謎之生命體“龍”是擁有高智能以及超級攻擊力的究極生命體。在小笠原衝深海發現的卵狀態的“龍”被送往“ISDA”祕密的進行着培育..