《阿優之兔智來了2》的故事延續《阿優之神奇蘿蔔》系列，故事講述的是阿U和他的小夥伴們看守的那顆巨大的超級蘿蔔有天突然變小了，博士懷疑是巨石陣的土壤含有某種只對大蘿蔔有作用的特殊物質，而現在這些物質已經受到了破壞，大蘿蔔得不到營養開始萎縮。博士推測蘿蔔島周圍的島嶼上一定還有同樣的土壤，可以讓大蘿蔔恢復原狀。孩子們主動要求承擔這個尋找土壤的任務，爲了幫助大家，博士送來一隻名叫兔智的機器人，它不僅智慧超羣，還擁有各種能力，在保護蘿蔔的過程中發揮了重要作用。但是兔菲依舊不放棄自己的夢想，他帶領手下跳跳和甩耳開着飛行器一路跟隨阿U他們，發誓要得到超級蘿蔔。