《星際之門：宇宙（Stargate Universe）》的設定是人類在成功揭開星際之門第九個符號的祕密之後，一組探險隊員被傳送到荒廢已久的古人飛船 "命運號" 上。這艘飛船是古人在其文明達到頂峯的時候建造的，它是古人的一次重大實驗，承載着一項重要任遺憾的是，這個實驗始終未能完成。
探險隊員很快發現他們被困在了 "命運號" 上，無法通過原路返回地球。他們只有登上 "命運號"，向未知的宇宙深處出發。一路上，船員們將與古人先前向宇宙發射的星際之門一一取得聯繫，實現 "命運號" 最初的任務。這些星際之門在 "命運號" 被建造之前幾個世紀就已被安放好了，"命運號" 能與其航向同步的時間窗口很短。一旦錯過了其中一個，回頭再找已經很困難了。此外，"命運號" 在旅途中還將遇到無數新的種族、敵人和奇聞趣事。