故事講述了被分到問題學生雲集的D班的綾小路清隆和他的同學們在學校裏掙扎求生的故事。在TV動畫第四季《歡迎來到實力至上主義教室 第四季：二年級第一學期》中，春假過後，綾小路和輕井澤成爲了情侶，而堀北也不再崇拜她才華橫溢的哥哥嶽。隨着他們關係的逐漸變化，他們也升入了二年級。綾小路和其他二年級新生即將迎來他們的第一場特殊考試——筆試，他們將與一年級新生搭檔。然而，一年級新生中竟潛伏着月城從白屋派來的刺客。這種跨越年級界限的全新關係，究竟會帶來風暴還是平靜？校園生活的第二年就此拉開帷幕。