與現代網絡社會共同產生的假想空間「數碼世界」，誕生了數位生命體「數碼獸」，主機「世界樹」管理這個世界的全部。不過、爲了建立新數碼世界而要除去發展很久的這個世界的同時、「世界樹」發動「Ｘ計劃」要除去所有的數碼獸…現在，數碼世界史上最大的危機逼近了！擁有「Ｘ抗體」的多路獸及它的朋友們，應該如何應對呢？